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2016年12月17日，國務(wù)院辦公廳印發(fā) 《關(guān)于進一步促進農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)發(fā)展的意見》（國辦發(fā)〔2016〕93號，以下簡稱《意見》）。
當前，我國農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)運營成本加大、各種負擔比較重、利潤空間被壓縮，針對這些問題，國辦《意見》在財稅方面提出了一系列政策措施。比如在財政支持上，要求有關(guān)支農(nóng)資金、支持農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)項目，支持農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)公共設(shè)施建設(shè)等。產(chǎn)地初加工，專項資金扶持農(nóng)戶和合作社建設(shè)貯藏窖、冷藏庫和烘干房。農(nóng)業(yè)綜合開發(fā)資金，以財政補貼和貸款貼息的方式支持合作組織和涉農(nóng)企業(yè)發(fā)展建設(shè)農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)基地建設(shè)國家扶貧開發(fā)資金扶持項目，對貧困地區(qū)帶動增收效果明顯的農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)給予支持。國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展資金項目，把支持農(nóng)產(chǎn)品加工、推動建立一批集優(yōu)勢產(chǎn)業(yè)生產(chǎn)和加工于一體的產(chǎn)業(yè)體系作為一項重要內(nèi)容。
在稅收政策上，擴大農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額核定扣除試點行業(yè)范圍，調(diào)整完善和明確初加工優(yōu)惠范圍。農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)增值稅，通過外購農(nóng)產(chǎn)品進行加工和銷售的企業(yè)增值稅稅率由17%下調(diào)到13%。
對于農(nóng)產(chǎn)品深加工企業(yè)，將農(nóng)產(chǎn)品進項稅額扣除率由現(xiàn)行的13%修改為納稅人再銷售時貨物的適用稅率，該項試點在液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油加工行業(yè)先行試點后，已下放給各地方稅務(wù)部門，豆制品等農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)可以到地方稅務(wù)部門進行核定。
農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)所得稅，企業(yè)從事農(nóng)林牧漁業(yè)項目所得可以免征、減征企業(yè)所得稅。把農(nóng)產(chǎn)品初加工作列為所得稅免征范圍。部分進口農(nóng)產(chǎn)品加工設(shè)備免征關(guān)稅和增值稅，引進國內(nèi)不能生產(chǎn)的先進加工生產(chǎn)設(shè)備，按有關(guān)規(guī)定免征進口關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)增值稅。
農(nóng)產(chǎn)品出口退稅，對農(nóng)產(chǎn)品出口實行與法定退稅率一致的退稅政策，出口退稅率尚未達到法定征稅率的農(nóng)產(chǎn)品，優(yōu)先考慮適當提高出口退稅率。
